Институт проблем нефти и газа Российской академии наук создан совместным постановлением-приказом Президиума Академии наук СССР и Министерства высшего и среднего специального образования СССР от 8 мая 1987 г. № 77/326 во исполнение распоряжения Совета Министров СССР от 23 февраля 1987 г. № 393р как Институт проблем нефти и газа Академии наук СССР и Минвуза СССР.

В связи с преобразованием одного из учредителей Институт проблем нефти и газа на основании  Постановления Президиума Российской академии наук от 9 марта 2005г. № 68 переименован в Институт проблем нефти и газа Российской академии наук.

В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. №2591-р Институт проблем нефти и газа  Российской академии наук передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).

Во исполнении Указа Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. и в соответствии с распоряжениями Правительства Российской Федерации от 30 мая 2018 г. № 1055-р и от 27 июня 2018 г. № 1293-р об отнесении Института проблем нефти и газа Российской академии наук к ведению Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки России)

Научно-методическое руководство деятельностью института осуществляет отделение наук о Земле Российской академии наук.

Согласно действующему законодательству Российской Федерации помимо основной научной деятельности, финансируемой из средств федерального бюджета, Институт может осуществлять предпринимательскую деятельность, направленную на достижение цели и главных  задач, предусмотренных Уставом Института.