ИПНГ РАН имеет тесные исторические связи с РГУ нефти и газа имени И.М.Губкина в научных исследованиях и образовательной деятельности. Многие сотрудники ИПНГ РАН ведут преподавательскую деятельность на различных факультетах Губкинского университета, руководят выпускными работами бакалавров, магистрантов и аспирантов с прохождением практик в ИПНГ РАН и привлечением к научно-исследовательским работам института.
ИПНГ РАН и РГУ нефти и газа имени И.М. Губкина проводят совместные научные исследования в рамках государственного задания, грантового финансирования, внебюджетных тем. Долгие годы под руководством академика А.Н. Дмитриевского в ИПНГ РАН работала базовая кафедра моделирования месторождений углеводородов Губкинского университета.
ИПНГ РАН активно взаимодействует с Российским государственным геологоразведочным университетом имени Серго Орджоникидзе (МГРИ) в рамках совместных научных исследований и подготовки кадров. Работает базовая кафедра «Поисковой и промысловой геофлюидодинамики». Сотрудники ИПНГ РАН читают лекции для студентов МГРИ, руководят бакалаврскими и магистерскими выпускными работами.
В 2018 г. подписано Соглашение о создании консорциума для реализации совместных НИР и НИОКР и совместных образовательных программ между ИПНГ РАН, институтом ТатНИПИнефть ПАО «Татнефть» и Альметьевским государственным нефтяным институтом (АГНИ). В рамках консорциума при поддержке ПАО «Татнефть» была создана кафедра и научно-экспериментальная лаборатория «Инновационного нефтегазового и экологически чистого недропользования», с 2018 по 2022 гг. осуществлялась целевая подготовка инженерно-исследовательских кадров для ТатНИПИнефть и других подразделений ПАО «Татнефть» по разработанной сотрудниками ИПНГ РАН магистерской программе «Инновационное нефтегазовое недропользование», а также реализация программ повышения квалификации, с привлечением ведущих экспертов отечественных ВУЗов, исследовательских организаций, нефтегазовых и сервисных компаний. В настоящее время лаборатория Инновационного нефтегазового недропользования вошла в состав Центра научно-технических исследований (ЦНТИ) АГНИ. На базе лаборатории продолжаются совместные исследования ИПНГ РАН и АГНИ по ряду тем поисковой направленности и в рамках оказания актуальных для ПАО «Татнефть» научно-технических услуг.
Научные сотрудники ИПНГ РАН ведут активную преподавательскую деятельность по подготовке кадров и повышению квалификации, проводят различные совместные научные исследования с Московским государственным университетом (МГУ) имени М.В. Ломоносова, Российским университетом дружбы народов (РУДН), Московским физико-техническим институтом (национальным исследовательским университетом) (МФТИ), Пермским национальным исследовательским политехническим университетом (ПНИПУ), Казанским (Приволжским) Федеральным Университетом, Северным (Арктическим) федеральным университетом (САФУ) имени М.В. Ломоносова, Московским институтом нефтегазового бизнеса и другими ведущими образовательными организациями.
ИПНГ РАН является участником Нижегородского научно-образовательного центра мирового уровня (Нижегородского НОЦ).
С 2021 г. действует соглашение о научно-техническом сотрудничестве между ИПНГ РАН и геологическим факультетом МГУ имени М.В. Ломоносова, направленное на повышение эффективности геолого-геофизических исследований процессов дегазации Земли и других явлений в Мировом океане. В рамках данного соглашения сотрудники ИПНГ РАН в 2022 г. участвовали в трех морских экспедициях (озеро Байкал, Белое и Карское моря), организованных МГУ. В настоящее время проводятся совместные научные исследования на основе собранных в экспедициях данных.